הארדואינו נאנו פופולרי מאוד בקרב חובבים ומפתחים בגלל גודלו הקטן והתאימות המלאה עם Arduino UNO. הוא אידיאלי לפרויקטים שבהם המקום מוגבל, כמו רחפנים קטנים, רובוטים, מערכות לבישות ועוד.
ניתן לתכנת את הארדואינו נאנו באמצעות סביבת הפיתוח הרגילה של ארדואינו (Arduino IDE) באותה שפת תכנות המבוססת על C/C++.