ארדואינו מגה מתאים במיוחד לפרויקטים מורכבים הדורשים יותר פינים וזיכרון מהארדואינו הרגיל (כמו Arduino UNO). הוא נפוץ בפרויקטים של רובוטיקה, מדפסות תלת-ממד, בקרת מכשירים מרובים, ולפרויקטים הדורשים הרבה חיישנים ומפעילים.
תכנות הלוח נעשה בסביבת הפיתוח של ארדואינו (Arduino IDE) באמצעות שפת תכנות הדומה ל-C/C++.